在一些營養(yǎng)豐富的水體中，有些藍(lán)綠藻常于夏季大量繁殖，并在水面形成一層藍(lán)綠色而腥臭味的浮沫，稱為“水華”，大規(guī)模的藍(lán)綠藻爆發(fā)，會引起水質(zhì)惡化，嚴(yán)重時會因為耗盡水中氧氣而造成魚類的大量死亡，造成不可估量的經(jīng)濟(jì)損失。更為嚴(yán)重的是，藍(lán)綠藻中有些種類（如微囊藻）還會產(chǎn)生毒素，大約50%的藍(lán)綠藻爆發(fā)中含有大量毒素。這些毒素除直接對魚類、人畜產(chǎn)生毒害之外，也是肝癌的重要誘因。

從本質(zhì)上來說，藍(lán)藻是原核生物，又叫藍(lán)綠藻藍(lán)細(xì)菌；大多數(shù)藍(lán)藻的細(xì)胞壁外面有膠質(zhì)衣，因此又叫粘藻。在所有藻類生物中，藍(lán)藻是最簡單、最原始的一種。藍(lán)藻是單細(xì)胞生物，沒有細(xì)胞核，但細(xì)胞中央含有核物質(zhì)，通常呈顆粒狀或網(wǎng)狀，染色質(zhì)和色素均勻的分布在細(xì)胞質(zhì)中。該核物質(zhì)沒有核膜和核仁，但具有核的功能，故稱其為原核（或擬核）。在藍(lán)藻中還有一種環(huán)狀DNA——質(zhì)粒，在基因工程中擔(dān)當(dāng)了運(yùn)載體的作用。和細(xì)菌一樣，藍(lán)藻屬于“原核生物”。

藍(lán)綠藻水質(zhì)監(jiān)測方法
富營養(yǎng)化是中國河流和湖泊水體普遍面臨的嚴(yán)重問題。測量水體中的藻類密度和濃度就成為環(huán)境監(jiān)測的重要指標(biāo)之一。但是由于藻類的形成不僅與水質(zhì)因素密切相關(guān)，而且與氣象條件關(guān)系密切，因此，在監(jiān)測藍(lán)綠藻時時，人們往往不能只單純的選擇一個或者有限的幾個指標(biāo)進(jìn)行監(jiān)測，通常人們會對氣象和水質(zhì)進(jìn)行綜合的監(jiān)測。
通常測量和監(jiān)測藍(lán)綠藻的方法有兩種：計數(shù)法和熒光法，計數(shù)法雖為國標(biāo)方法,但是因為費時和難以作到實時的數(shù)據(jù),難以跟蹤水體變化，因此只適合于作實驗室里的測量方法；而熒光法因為能監(jiān)測水體的實時數(shù)據(jù)，因此使得藍(lán)綠藻在線監(jiān)測成為可能。